Проверено на Демо-базе, ситуация не воспроизводится.
Опишите какие у Вас настройки:
1. В Справочнике/Отчисления в фонды/Настройка скидок выплат и Настройка льгот.
2. Отчисления в фонды/Начисления в фонды, нет-ли в нижней части экрана второй строчкой Имущественного вычета.