Здравствуйте.
Вы неправы в том, что данные по уволенным сотрудникам никуда не попадают. В программе все это решаемо
1) Если сотрудники у вас находятся в списке исключенных сотрудников (F5 в реестре лицевых счетов) - снимите с них отметки - они появятся в общем реестре.
2) Поставьте им в лицевые счета удержание СОЦ(или ЕСН), пересчитайте.
3) По F5 посмотрите п. "Данные по соцналогу". Там должны появиться доудержанные суммы. Проводки по фондам и отчетность по ЕСН и ПФ ...